למנוע מחיקת שירים מ-iPod, ישנם שני שיטות עיקריות:

1. חברת ה-iPod למחשב אחר: כדי להוסיף שירים חדשים על ה-iPod, יש לחבר אותו למחשב אחר (לא למחשב הבית שלו). זאת יכולה להיות מחשב משרדי, חבר, או אף מחשב של חבר. בזמן החיבור, ה-iPod יראה את השירים החדשים שהותאמו לו.

2. תוכנה שמבטלת את מחיקת השירים: התוכנה "iTunes" היא התוכנה הרשמית של Apple לניהול שירים ואוספי מדיה. התוכנה "iPod Utility" (מספר 2.0.4) מאפשרת לשמור את השירים שנמחקו (לאחר שמנוע השירים של ה-iPod אומר שהשיר הזה "לא נמצא" ) , ולהתאמת (sync) את השירים (music) שנמחקו ( deleted) .