הבדל יסודי בין המצדה להרודיון הוא ייעודן. המצדה הייתה מבצר חסום, המיועד להגנה על תושביו, בעוד הרודיון היה עיר חופשית, שבה התגוררו יהודים ולא-יהודים.

בעוד שהמצדה, שהוקמה על ידי הורדוס הגדול, הייתה גדולה, עשירה ומבוצרת, הרודיון, שנבנה על ידי יהודה המכבי, היה יישוב קטן יותר, ששימש כמקום מפלט לעובדי כפייה יהודים שנשלחו לעבוד במקומות נוספים.

בהרודיון, לאחר המרד הגדול, הצליחו הקנאים, שהיו חלק מהורדיים, להחזיק מעמד קצר יותר, ולבסוף, נכבש המקום על ידי טיטוס. הסיבה לכך הייתה, בעיקר, העובדה שהרודיון היה יישוב קטן, ולכן, היה קל לכבושו.