סידור המאווררים במחשב הוא קריטי לשמירת טמפרטורה נמוכה וסיקולציה טובה. לשם כך, ישנן מספר המלצות לסידור המאווררים:

1. התקנת המאווררים למרחק של 10-15 ס"מ מהספקטרום החום. הספקטרום החום נוצר על ידי רכיבי המחשב, כגון הקורטואז, ה-VRM והכרטיסי הגרפי. מאווררים המותקנים בנפרד מהספקטרום החום יכולים לעזור לספק אוויר נקי למחשב.

2. התקנת המאווררים בצורה של "L". זאת תאפשר זרימת אוויר חופשית והקטנת ההתנגדות לזרימת האוויר.

3. הפעלת המאווררים עם גודל נכון. הפעלת מאווררים בגודל נכון תעזור להבטיח שהטמפרטורה של המחשב תהיה נמוכה, ולא תגרום להתנגדות לזרימת האוויר של המאוורר.

באופן כללי, סידור המאווררים במחשב דורש תכנון והתקנה נכונים. מאווררים שונים, כגון מאווררים אוויר-ל-אוויר, מאווררים הידרולוגיים, ו- AIO (All-in-One) Cooler. באופן כללי, תמיד יש לבדוק את התקני המחשב והמאווררים, ולהפעיל אותם באופן נכון.